Fue fundada en el siglo X por el Rey García Sánchez III de Navarra, “el de Nájera”. Uruñuela es nombrada en diferentes documentos como Eruñuela, Oriñuela y Oroñuela. Tras la invasión musulmana, cumplió con la misión de repoblar las tierras riojanas. La primera mención que se hace a Uruñuela, data de 1052, en un documento conservado en el archivo General de Simancas, y en él, se hace referencia a la desaparecida iglesia de San Sebastián entre las agregadas a Santa María la Real de Nájera.
En una escritura de 1458, Pedro Fernandez II de Velasco y Beatriz Manrique, legan a su descendencia una serie de mayorazgos entre los que se encuentra Uruñuela. En 1518 seguía en manos de los Manrique, pues hubo pleitos entre Luis Manrique y su hermano por las tierras de Uruñuela y Alesanco.
Carlos I otorgó el título de villa por la colaboración que el pueblo prestó a Antonio Manrique de Lara, segundo Duque de Nájera, para tomar el castillo de Malpica tras haber sido ocupado por los comuneros.